1. Yakın ve dikkatli takibe rağmen yumurtalıklar aşırı uyarılabilir (OHSS).
  2. Çoğul gebelikler oluşabilir.
  3. Kaçınılmaz olarak, yumurta toplama işlemi sırasında metal iğneler kullanılır. Bu da mesane, barsak, rahim, fallop tüpleri ya da damar yaralanmaları için potansiyel bir risk oluşturur. Basit bir problem oluşabileceği gibi hastaneye yatmayı gerektirebilecek içeriye kanama ve / veya enfeksiyon meydana gelebilir. Bu risk 1/1000' den azdır.
  4. Karın içi yapışıklıklar ve / veya teknik sebepler yumurtalıklardan yumurta toplamayı engelleyebilir.
  5. Yumurta toplama işleminden önce, kendiliğinden yumurtlamanın olmasına bağlı olarak bu işlem yapılamayabilir.
  6. Yumurta kistlerinin aspirasyonundan hiç yumurta elde edilemeyebilir ya da elde edilen yumurtaların tümü olgun olmayabilir. Bu da embriyo oluşumunu engelleyebilir.
  7. Toplanan yumurtalar normal olmayabilir.
  8. Semen örneği çok kötü kalitede olabilir ve işlem için kullanılamayacak özellikler taşıyabilir.
  9. Yumurtalar döllenmeyebilir.
  10. Döllenen yumurtalar bölünüp embriyo oluşturmayabilir.
  11. Embriyolar normal olarak gelişmeyebilir. Eğer embriyolar gelişmiyorsa veya canlı değillerse, çiftle de görüşülerek transfer işlemi yapılmayabilir.
  12. Embriyonun rahim içine yerleştirilmesi teknik olarak güç veya imkansız olabilir. Bu istenmeyen durum genelde yapısal (anatomik) bozukluklardan kaynaklanır.
  13. Transfer edilen embriyoların bir kısmı ya da hiçbiri rahim duvarına tutunmayabilir.
  14. Rahime tutunan (İmplante olan) her embriyo her zaman normal olarak gelişip doğuma kadar ulaşamayabilir.
  15. Tıbbi cihaz arızaları, enfeksiyon, insan hataları ya da öngörülemeyen faktörler yumurtaların, sperm örneklerinin ya da embriyoların kaybına veya zarar görmesine yol açabilir.